CPL - Chalmers Publication Library
| Utbildning | Forskning | Styrkeområden | Om Chalmers | In English In English Ej inloggad.

Comparison of four DNA extraction methods for comprehensive assessment of 16S rRNA bacterial diversity in marine biofilms using high-throughput sequencing

Natàlia Corcoll ; Tobias Österlund (Institutionen för matematiska vetenskaper, Tillämpad matematik och statistik) ; Lucas Sinclair ; Alexander Eiler ; Erik Kristiansson (Institutionen för matematiska vetenskaper, Tillämpad matematik och statistik) ; Thomas Backhaus ; Karl Martin Eriksson (Institutionen för mekanik och maritima vetenskaper)
FEMS Microbiology Letters (0378-1097). Vol. 364 (2017), 14,
[Artikel, refereegranskad vetenskaplig]

High-throughput DNA sequencing technologies are increasingly used for the metagenomic characterization of microbial biodiversity. However, basic issues, such as the choice of an appropriate DNA extraction method, are still not resolved for non-model microbial communities. This study evaluates four commonly used DNA extraction methods for marine periphyton biofilms in terms of DNA yield, efficiency, purity, integrity and resulting 16S rRNA bacterial diversity. Among the tested methods, the Plant DNAzol® Reagent (PlantDNAzol) and the Fast DNATM SPIN Kit for Soil (FastDNA Soil) methods were best suited to extract high quantities of DNA (77 - 130 μg g wet wt-1). Lower amounts of DNA were obtained (< 37 μg g wet wt-1) with the Power Plant® Pro DNA Isolation Kit (PowerPlant) and the Power Biofilm® DNA Isolation Kit (PowerBiofilm) methods, but integrity and purity of the extracted DNA were higher. Results from 16S rRNA amplicon sequencing demonstrate that the choice of a DNA extraction method significantly influences the bacterial community profiles generated. A higher number of bacterial OTUs were detected when DNA was extracted with the PowerBiofilm and the PlantDNAzol methods. Overall, this study demonstrates the potential bias in metagenomic diversity estimates associated with different DNA extraction methods.

Nyckelord: DNA, extraction methods, bacteria, 16S amplicon sequencing, biofilms, metagenomics



Den här publikationen ingår i följande styrkeområden:

Läs mer om Chalmers styrkeområden  

Denna post skapades 2017-08-17. Senast ändrad 2017-10-10.
CPL Pubid: 251243

 

Läs direkt!

Lokal fulltext (fritt tillgänglig)

Länk till annan sajt (kan kräva inloggning)


Institutioner (Chalmers)

Institutionen för biologi och miljövetenskap (GU)
Institutionen för matematiska vetenskaper, Tillämpad matematik och statistikInstitutionen för matematiska vetenskaper, Tillämpad matematik och statistik (GU)
Institutionen för mekanik och maritima vetenskaper

Ämnesområden

Livsvetenskaper
Transport
Hållbar utveckling
Mikrobiologi
Bioinformatik och systembiologi
Ekologi
Annan naturvetenskap

Chalmers infrastruktur

Beräkningsinfrastruktur för systembiologi