CPL - Chalmers Publication Library
| Utbildning | Forskning | Styrkeområden | Om Chalmers | In English In English Ej inloggad.

Strategies to improve usability and preserve accuracy in biological sequence databases

Johan Bengtsson-Palme ; Fredrik Boulund (Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik) ; Robert Edström (Institutionen för data- och informationsteknik (Chalmers)) ; Amir Feizi (Institutionen för biologi och bioteknik, Systembiologi) ; Anna Johnning (Institutionen för matematiska vetenskaper) ; Viktor Jonsson (Institutionen för matematiska vetenskaper) ; Fredrik H. Karlsson (Institutionen för biologi och bioteknik, Systembiologi) ; Chandan Pal ; Mariana Buongermino Pereira (Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik) ; Anna Rehammar (Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik) ; José Sánchez (Institutionen för matematiska vetenskaper) ; Kemal Sanli ; Kaisa Thorell
Proteomics (1615-9853). Vol. Epub ahead of print (2016),
[Artikel, refereegranskad vetenskaplig]

Biology is increasingly dependent on large-scale analysis, such as proteomics, creating a requirement for efficient bioinformatics. Bioinformatic predictions of biological functions rely upon correctly annotated database sequences, and the presence of inaccurately annotated or otherwise poorly described sequences introduces noise and bias to biological analyses. Accurate annotations are, for example, pivotal for correct identifications of polypeptide fragments. However, standards for how sequence databases are organized and presented are currently insufficient. Here, we propose five strategies to address fundamental issues in the annotation of sequence databases: (i) to clearly separate experimentally verified and unverified sequence entries; (ii) to enable a system for tracing the origins of annotations; (iii) to separate entries with high-quality, informative annotation from less useful ones; (iv) to integrate automated quality-control software whenever such tools exist; and (v) to facilitate post-submission editing of annotations and metadata associated with sequences. We believe that implementation of these strategies, for example as requirements for publication of database papers, would enable biology to better take advantage of large-scale data.

Nyckelord: Annotation, Databases, Functional prediction, Sequencing, Standards



Denna post skapades 2016-08-22. Senast ändrad 2016-08-22.
CPL Pubid: 240559

 

Läs direkt!


Länk till annan sajt (kan kräva inloggning)


Institutioner (Chalmers)

Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar (GU)
Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik (2005-2016)
Institutionen för data- och informationsteknik (Chalmers)
Institutionen för biologi och bioteknik, Systembiologi
Institutionen för matematiska vetenskaperInstitutionen för matematiska vetenskaper (GU)
Institutionen för biologi och miljövetenskap (GU)
Institutionen för biomedicin, avdelningen för mikrobiologi och immunologi (GU)

Ämnesområden

Databaser
Bioinformatik och systembiologi
Funktionsgenomik

Chalmers infrastruktur