CPL - Chalmers Publication Library
| Utbildning | Forskning | Styrkeområden | Om Chalmers | In English In English Ej inloggad.

Extension of nanoconfined DNA: quantitative comparison between experiment and theory

Vitalii Iarko ; Erik Werner ; Lena Nyberg (Institutionen för biologi och bioteknik, Kemisk biologi) ; Vilhelm Müller (Institutionen för biologi och bioteknik) ; Joachim Fritzsche (Institutionen för teknisk fysik, Kemisk fysik) ; T. Amjörnsson ; J. P. Beech ; Jonas O. Tegenfeldt ; Kirsten Mehlig ; Fredrik Westerlund (Institutionen för biologi och bioteknik, Kemisk biologi) ; Bernhard Mehlig
Physical Review E. Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics (1539-3755). Vol. 92 (2015), 6, p. Art. Nr. 062701.
[Artikel, refereegranskad vetenskaplig]

The extension of DNA confined to nanochannels has been studied intensively and in detail. Yet quantitative comparisons between experiments and model calculations are difficult because most theoretical predictions involve undetermined prefactors, and because the model parameters (contour length, Kuhn length, effective width) are difficult to compute reliably, leading to substantial uncertainties. Here we use a recent asymptotically exact theory for the DNA extension in the "extended de Gennes regime" that allows us to compare experimental results with theory. For this purpose we performed new experiments, measuring the mean DNA extension and its standard deviation while varying the channel geometry, dye intercalation ratio, and ionic buffer strength. The experimental results agree very well with theory at high ionic strengths, indicating that the model parameters are reliable. At low ionic strengths the agreement is less good. We discuss possible reasons. Our approach allows, in principle, to measure the Kuhn length and effective width of a single DNA molecule and more generally of semiflexible polymers in solution.


http://arxiv.org/abs/1506.02241



Den här publikationen ingår i följande styrkeområden:

Läs mer om Chalmers styrkeområden  

Denna post skapades 2015-11-04. Senast ändrad 2016-11-08.
CPL Pubid: 225267

 

Läs direkt!

Lokal fulltext (fritt tillgänglig)

Länk till annan sajt (kan kräva inloggning)


Institutioner (Chalmers)

Institutionen för fysik (GU) (GU)
Institutionen för biologi och bioteknik, Kemisk biologi
Institutionen för biologi och bioteknik
Institutionen för teknisk fysik, Kemisk fysik (1900-2015)
Institutionen för medicin, avdelningen för samhällsmedicin och folkhälsa, enheten för folkhälsoepidemiologi (GU)

Ämnesområden

Livsvetenskaper
Nanovetenskap och nanoteknik
Fysik

Chalmers infrastruktur