CPL - Chalmers Publication Library
| Utbildning | Forskning | Styrkeområden | Om Chalmers | In English In English Ej inloggad.

Metaxa2: Improved identification and taxonomic classification of small and large subunit rRNA in metagenomic data

Johan Bengtsson-Palme ; Martin Hartmann ; Karl Martin Eriksson (Institutionen för sjöfart och marin teknik, Maritim miljö och energisystem) ; Chandan Pal ; Kaisa Thorell (Institutionen för biomedicin, avdelningen för mikrobiologi och immunologi ; Institutionen för biologi och bioteknik) ; D. G. Joakim Larsson ; R. Henrik Nilsson
Molecular Ecology Resources (1755-098X). Vol. 15 (2015), 6, p. 1403-1414.
[Artikel, refereegranskad vetenskaplig]

The ribosomal rRNA genes are widely used as genetic markers for taxonomic identification of microbes. Particularly the small subunit (SSU; 16S/18S) rRNA gene is frequently used for species- or genus-level identification, but also the large subunit (LSU; 23S/28S) rRNA gene is employed in taxonomic assignment. The metaxa software tool is a popular utility for extracting partial rRNA sequences from large sequencing data sets and assigning them to an archaeal, bacterial, nuclear eukaryote, mitochondrial or chloroplast origin. This study describes a comprehensive update to metaxa – metaxa2 – that extends the capabilities of the tool, introducing support for the LSU rRNA gene, a greatly improved classifier allowing classification down to genus or species level, as well as enhanced support for short-read (100 bp) and paired-end sequences, among other changes. The performance of metaxa2 was compared to other commonly used taxonomic classifiers, showing that metaxa2 often outperforms previous methods in terms of making correct predictions while maintaining a low misclassification rate. metaxa2 is freely available from http://microbiology.se/software/metaxa2/

Nyckelord: 16S,18S,metagenomics,microbial communities,rRNA libraries,taxonomic assignment



Denna post skapades 2015-04-02. Senast ändrad 2016-11-08.
CPL Pubid: 214783

 

Läs direkt!


Länk till annan sajt (kan kräva inloggning)


Institutioner (Chalmers)

Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar (GU)
Institutionen för sjöfart och marin teknik, Maritim miljö och energisystem
Institutionen för biomedicin, avdelningen för mikrobiologi och immunologi (GU)
Institutionen för biologi och bioteknik
Institutionen för biologi och miljövetenskap (GU)

Ämnesområden

Mikrobiologi
Bioinformatik och systembiologi
Ekologi

Chalmers infrastruktur