CPL - Chalmers Publication Library
| Utbildning | Forskning | Styrkeområden | Om Chalmers | In English In English Ej inloggad.

Nanoconfined Circular and Linear DNA: Equilibrium Conformations and Unfolding Kinetics

Mohammadreza Alizadehheidari (Institutionen för kemi och kemiteknik, Fysikalisk kemi) ; Erik Werner ; C. Noble ; M. Reiter-Schad ; Lena Nyberg (Institutionen för kemi och kemiteknik, Fysikalisk kemi) ; Joachim Fritzsche (Institutionen för teknisk fysik, Kemisk fysik) ; Bernhard Mehlig ; Jonas O. Tegenfeldt ; Tobias Ambjörnsson ; Fredrik Persson ; Fredrik Westerlund (Institutionen för kemi och kemiteknik, Fysikalisk kemi)
Macromolecules (0024-9297). Vol. 48 (2015), 3, p. 871-878.
[Artikel, refereegranskad vetenskaplig]

Studies of circular DNA confined to nanofluidic channels are relevant both from a fundamental polymer-physics perspective and due to the importance of circular DNA molecules in vivo. We here observe the unfolding of confined DNA from the circular to linear configuration as a light-induced double-strand break occurs, characterize the dynamics, and compare the equilibrium conformational statistics of linear and circular configurations. This is important because it allows us to determine to what extent existing statistical theories describe the extension of confined circular DNA. We find that the ratio of the extensions of confined linear and circular DNA configurations increases as the buffer concentration decreases. The experimental results fall between theoretical predictions for the extended de Gennes regime at weaker confinement and the Odijk regime at stronger confinement. We show that it is possible to directly distinguish between circular and linear DNA molecules by measuring the emission intensity from the DNA. Finally, we determine the rate of unfolding and show that this rate is larger for more confined DNA, possibly reflecting the corresponding larger difference in entropy between the circular and linear configurations.

Den här publikationen ingår i följande styrkeområden:

Läs mer om Chalmers styrkeområden  

Denna post skapades 2015-03-23. Senast ändrad 2015-07-28.
CPL Pubid: 214195


Läs direkt!

Länk till annan sajt (kan kräva inloggning)

Institutioner (Chalmers)

Institutionen för kemi och kemiteknik, Fysikalisk kemi
Institutionen för fysik (GU) (GU)
Institutionen för teknisk fysik, Kemisk fysik (1900-2015)


Nanovetenskap och nanoteknik

Chalmers infrastruktur