CPL - Chalmers Publication Library
| Utbildning | Forskning | Styrkeområden | Om Chalmers | In English In English Ej inloggad.

A community-driven global reconstruction of human metabolism

I. Thiele ; N. Swainston ; R. M. T. Fleming ; A. Hoppe ; S. Sahoo ; M. K. Aurich ; H. Haraldsdottir ; M. L. Mo ; O. Rolfsson ; M. D. Stobbe ; S. G. Thorleifsson ; Rasmus Ågren (Institutionen för kemi- och bioteknik, Systembiologi) ; C. Bolling ; Sergio Bordel Velasco (Institutionen för kemi- och bioteknik, Systembiologi) ; A. K. Chavali ; P. Dobson ; W. B. Dunn ; L. Endler ; D. Hala ; M. Hucka ; D. Hull ; D. Jameson ; N. Jamshidi ; J. J. Jonsson ; N. Juty ; S. Keating ; Intawat Nookaew (Institutionen för kemi- och bioteknik, Systembiologi) ; N. Le Novere ; N. Malys ; A. Mazein ; J. A. Papin ; N. D. Price ; E. Selkov ; M. I. Sigurdsson ; E. Simeonidis ; N. Sonnenschein ; K. Smallbone ; A. Sorokin ; Jhgm van Beek ; D. Weichart ; I. Goryanin ; Jens B. Nielsen (Institutionen för kemi- och bioteknik, Systembiologi) ; H. V. Westerhoff ; D. B. Kell ; P. Mendes ; B. O. Palsson
Nature Biotechnology (1087-0156). Vol. 31 (2013), 5, p. 419-+.
[Artikel, refereegranskad vetenskaplig]

Multiple models of human metabolism have been reconstructed, but each represents only a subset of our knowledge. Here we describe Recon 2, a community-driven, consensus 'metabolic reconstruction', which is the most comprehensive representation of human metabolism that is applicable to computational modeling. Compared with its predecessors, the reconstruction has improved topological and functional features, including similar to 2x more reactions and similar to 1.7x more unique metabolites. Using Recon 2 we predicted changes in metabolite biomarkers for 49 inborn errors of metabolism with 77% accuracy when compared to experimental data. Mapping metabolomic data and drug information onto Recon 2 demonstrates its potential for integrating and analyzing diverse data types. Using protein expression data, we automatically generated a compendium of 65 cell type-specific models, providing a basis for manual curation or investigation of cell-specific metabolic properties. Recon 2 will facilitate many future biomedical studies and is freely available at http://humanmetabolism.org/.



Den här publikationen ingår i följande styrkeområden:

Läs mer om Chalmers styrkeområden  

Denna post skapades 2013-06-17. Senast ändrad 2014-10-27.
CPL Pubid: 178589

 

Läs direkt!


Länk till annan sajt (kan kräva inloggning)


Institutioner (Chalmers)

Institutionen för kemi- och bioteknik, Systembiologi (2008-2014)

Ämnesområden

Informations- och kommunikationsteknik
Livsvetenskaper
Mikrobiologi

Chalmers infrastruktur