CPL - Chalmers Publication Library
| Utbildning | Forskning | Styrkeområden | Om Chalmers | In English In English Ej inloggad.

The RAVEN Toolbox and Its Use for Generating a Genome-scale Metabolic Model for Penicillium chrysogenum

Rasmus Ågren (Institutionen för kemi- och bioteknik, Systembiologi) ; Liming Liu (Institutionen för kemi- och bioteknik, Systembiologi) ; Saeed Shoaie (Institutionen för kemi- och bioteknik, Systembiologi) ; Wanwipa Vongsangnak (Institutionen för kemi- och bioteknik, Systembiologi) ; Intawat Nookaew (Institutionen för kemi- och bioteknik, Systembiologi) ; Jens B. Nielsen (Institutionen för kemi- och bioteknik, Systembiologi)
PLoS Computational Biology (1553-734X). Vol. 9 (2013), 3, p. e1002980.
[Artikel, refereegranskad vetenskaplig]

We present the RAVEN (Reconstruction, Analysis and Visualization of Metabolic Networks) Toolbox: a software suite that allows for semi-automated reconstruction of genome-scale models. It makes use of published models and/or the KEGG database, coupled with extensive gap-filling and quality control features. The software suite also contains methods for visualizing simulation results and omics data, as well as a range of methods for performing simulations and analyzing the results. The software is a useful tool for system-wide data analysis in a metabolic context and for streamlined reconstruction of metabolic networks based on protein homology. The RAVEN Toolbox workflow was applied in order to reconstruct a genome-scale metabolic model for the important microbial cell factory Penicillium chrysogenum Wisconsin54-1255. The model was validated in a bibliomic study of in total 440 references, and it comprises 1471 unique biochemical reactions and 1006 ORFs. It was then used to study the roles of ATP and NADPH in the biosynthesis of penicillin, and to identify potential metabolic engineering targets for maximization of penicillin production.

Den här publikationen ingår i följande styrkeområden:

Läs mer om Chalmers styrkeområden  

Denna post skapades 2013-04-21. Senast ändrad 2014-10-27.
CPL Pubid: 175875


Läs direkt!

Lokal fulltext (fritt tillgänglig)

Länk till annan sajt (kan kräva inloggning)

Institutioner (Chalmers)

Institutionen för kemi- och bioteknik, Systembiologi (2008-2014)


Informations- och kommunikationsteknik
Bioinformatik och systembiologi

Chalmers infrastruktur

C3SE/SNIC (Chalmers Centre for Computational Science and Engineering)

Relaterade publikationer

Denna publikation ingår i:

On metabolic networks and multi-omics integration



Denna publikation är ett resultat av följande projekt:

Industrial Systems Biology of Yeast and A. oryzae (INSYSBIO) (EC/FP7/247013)