CPL - Chalmers Publication Library
| Utbildning | Forskning | Styrkeområden | Om Chalmers | In English In English Ej inloggad.

FANTOM: Functional and taxonomic analysis of metagenomes

Kemal Sanli (Institutionen för kemi- och bioteknik ; Institutionen för biologi och miljövetenskap) ; Fredrik H. Karlsson (Institutionen för kemi- och bioteknik, Systembiologi) ; Intawat Nookaew (Institutionen för kemi- och bioteknik, Systembiologi) ; Jens B. Nielsen (Institutionen för kemi- och bioteknik, Systembiologi)
BMC Bioinformatics (1471-2105). Vol. 14 (2013), p. artikel nr 38.
[Artikel, refereegranskad vetenskaplig]

Background Interpretation of quantitative metagenomics data is important for our understanding of ecosystem functioning and assessing differences between various environmental samples. There is a need for an easy to use tool to explore the often complex metagenomics data in taxonomic and functional context. Results Here we introduce FANTOM, a tool that allows for exploratory and comparative analysis of metagenomics abundance data integrated with metadata information and biological databases. Importantly, FANTOM can make use of any hierarchical database and it comes supplied with NCBI taxonomic hierarchies as well as KEGG Orthology, COG, PFAM and TIGRFAM databases. Conclusions The software is implemented in Python, is platform independent, and is available at http://www.sysbio.se/Fantom.

Nyckelord: Graphical User Interface (GUI), Metagenomics, Statistical analysis, Multivariate analysis, Visualization


© 2013 Sanli et al.; licensee BioMed Central Ltd. This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (http://creativecommons.org/licenses/by/2.0), which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.



Den här publikationen ingår i följande styrkeområden:

Läs mer om Chalmers styrkeområden  

Denna post skapades 2013-02-12. Senast ändrad 2015-11-24.
CPL Pubid: 173429

 

Läs direkt!

Lokal fulltext (fritt tillgänglig)

Länk till annan sajt (kan kräva inloggning)


Institutioner (Chalmers)

Institutionen för kemi- och bioteknik (2005-2014)
Institutionen för biologi och miljövetenskap (GU)
Institutionen för kemi- och bioteknik, Systembiologi (2008-2014)

Ämnesområden

Informations- och kommunikationsteknik
Livsvetenskaper
Kemi

Chalmers infrastruktur

C3SE/SNIC (Chalmers Centre for Computational Science and Engineering)

Relaterade publikationer

Denna publikation ingår i:


Systems Biology of the Gut Microbiome in Metabolic Diseases