CPL - Chalmers Publication Library
| Utbildning | Forskning | Styrkeområden | Om Chalmers | In English In English Ej inloggad.

Identification of metastable states in peptide's dynamics

Svitlana Ruzhytska (Institutionen för energi och miljö) ; Martin Nilsson Jacobi (Institutionen för energi och miljö, Fysisk resursteori) ; C. H. Jensen ; D. Nerukh
Journal of Chemical Physics (0021-9606). Vol. 133 (2010), 16,
[Artikel, refereegranskad vetenskaplig]

A recently developed spectral method for identifying metastable states in Markov chains is used to analyze the conformational dynamics of a four-residue peptide valine-proline-alanine-leucine. We compare our results to empirically defined conformational states and show that the found metastable states correctly reproduce the conformational dynamics of the system.

Nyckelord: protein-folding kinetics, gromos force-field, molecular-dynamics, simulations, validation, hydration, models, 53a6



Denna post skapades 2010-12-08. Senast ändrad 2015-07-08.
CPL Pubid: 130348

 

Läs direkt!

Lokal fulltext (fritt tillgänglig)

Länk till annan sajt (kan kräva inloggning)


Institutioner (Chalmers)

Institutionen för energi och miljö
Institutionen för energi och miljö, Fysisk resursteori

Ämnesområden

Fysik

Chalmers infrastruktur